U pet godina od tajanstvena Supermanova nestanka kriza u svijetu je dosegla vrhunac. Bez njega porastao je kriminal u gradu Metropolisu, a tomu treba dodati i destruktivne planove zloglasna Lexa Luthora, koji je zbrisao iz zatvora koristeći se Supermanovim tajnama. Lois Lane, novinarska zvijezda...
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati...
