Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada...
U pet godina od tajanstvena Supermanova nestanka kriza u svijetu je dosegla vrhunac. Bez njega porastao je kriminal u gradu Metropolisu, a tomu treba dodati i destruktivne planove zloglasna Lexa Luthora, koji je zbrisao iz zatvora koristeći se Supermanovim tajnama. Lois Lane, novinarska zvijezda...
Nakon što je pokušao živjeti normalnim životom, Logan kreće u osvetu za smrt svoje djevojke prolazeći kroz program mutanta Weapon X i postajući Wolverine.