Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada...
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati...
Nepoznata sila donosi nemir i početak rata koje ni Jedi ne mogu zaustaviti. kako bi saznali pozadinu misterija Obi-Wan Kenobi, Padme Amidala i Anakin Skywalker ponovno se nalaze zajedno te će pokušati razriješiti veliku tajnu.
Nakon što je pokušao živjeti normalnim životom, Logan kreće u osvetu za smrt svoje djevojke prolazeći kroz program mutanta Weapon X i postajući Wolverine.
