Elitna postrojba G.I. Joe u ovom se nastavku bori protiv svojih starih neprijatelja, organizacije Cobra, ali se moraju suočiti i s prijetnjama iz vlade koje bi mogle ugroziti samo njihovo postojanje...
Red , Chuck, Bomb i Mighty Eagle regrutiraju Silver, Chuckovu sestru, i formiraju savez sa svinjama Leonardom, njegovom pomoćnicom Courtney i svinjom-hakerom Garryem kako bi uspostavili krhko primirje i formirali nevjerojatni super tim koji će spasiti njihove domove.
