Tri godine nakon bitke Geonosisa ratovi klonova se konačno privode kraju. Obi-Wan Kenobi sada ima zaduženje za uništenje ostalih separatista Count Dooku i Grievousa. Palpatine je postao korumpiran, proglašavajući se carem, a zajedno s Anakinom Skywalkerom započinje stvaranje svog novog...
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati...
Nepoznata sila donosi nemir i početak rata koje ni Jedi ne mogu zaustaviti. kako bi saznali pozadinu misterija Obi-Wan Kenobi, Padme Amidala i Anakin Skywalker ponovno se nalaze zajedno te će pokušati razriješiti veliku tajnu.