Dva mutanta, Rogue i Wolverine, dolaze u privatnu akademiju za svoju vrstu čiji se rezidentni superherojski tim, X-Men, mora suprotstaviti terorističkoj organizaciji sa sličnim moćima.
Prošlo je nekoliko mjeseci otkako su mutanti zaustavili Williama Strykera, ali su to platili gubitkom Jean Gray, s čime se Scott nikako ne može pomiriti. Odlazi na mjesto na kojem ju je izgubio i ona se pojavi pred njim. Sukobi ljudi i mutanata, koji dosežu kritičnu točku, mogli bi uskoro...
Nakon međusobne borbe u prvom filmu, mutantski neprijatelji profesor Xavier i Magneto moraju se udružiti da nađu mutanta ubojicu koji je pokušao smaknuti predsjednika dok Mutantsku akademiju napadaju oružane snage.
Otac Alison Miller (Dianna Agron) je u zatvoru, a majka je otišla kad je bila mala, stoga je ona sada poglavar obitelji i skrbi se za mlađeg brata Brandona (Jared Abrahamson). No na godišnjicu očevih zločina, njezina obitelj stjerana je u tešku situaciju: u naselju prikolica pronađen je...
