Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja....
U zagušljivom edvardijanskom Londonu, Wendy Darling svaku večer hipnotizira svoju braću pričama prije spavanja o mačevanju, prevarama i strašnom kapetanu Kuki. Ali djeca postaju junaci još veće priče, kada Petar Pan jedne noći uleti u njihovu dječju sobu i povede ih preko mjesečinom...
Nakon što je pokušao živjeti normalnim životom, Logan kreće u osvetu za smrt svoje djevojke prolazeći kroz program mutanta Weapon X i postajući Wolverine.